Gen inferencia de secuencias de genes ancestrales por el método bayesiano basado en la distancia
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Gen Clasificación y resumen

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Gen Descripción

La aplicación ANC-Gene se desarrolló para ser una pequeña herramienta de línea de comandos para la inferencia de las secuencias de nucleótidos ancestrales de los genes de codificación de proteínas de un conjunto de secuencias actuales, cuyas relaciones filogenéticas se conocen. El programa primero infiere los aminoácidos por el método bayesiano basado en la distancia, y luego infiere las secuencias de nucleótidos subyacentes mediante la fijación de los aminoácidos inferidos. Para usar el programa, necesita un archivo de entrada que contenga las secuencias de ADN y la topología de árbol de estas secuencias (consulte RNase.seq para un ejemplo). Este archivo comienza con dos números: el número de secuencias y el número de nucleótidos por secuencia (longitud de secuencia). La segunda línea será el nombre de la primera secuencia, y la tercera línea será la primera secuencia, y así sucesivamente. Solo se permiten A, T, C, G, A, T, C y G en las secuencias. Las secuencias deben estar alineadas y se eliminen las brechas o cualquier otro símbolo. La última línea del archivo es la topología de árbol de las secuencias. El formato de árbol es el mismo que el utilizado en el paquete PHYLIP (Felsenstein 1995). Tenga en cuenta que el árbol no está enrojecido, por lo que se requiere la trificación en lugar de la biferación para el nodo de ramificación más profundo.

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