Gz-gamma Estimación del número esperado de sustituciones en cada sitio de aminoácidos
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Gz-gamma Clasificación y resumen

Gz-gamma Etiquetas

secuencia Estimacion ácido secuencia de ADN estimación de tiempo Titulación ácida ADN fuente ácida estimación de la disparidad Transacción ácida Estimación de FDR Encuentra aminoácido Buscador de aminoácidos buscar aminoácidos Analizador de aminoácidos secuencia de aminoácidos aminoácidos Traductor de aminoácidos extraer aminoácido estimación de rendimiento Estimación de ósmosis solución de ácido Residuos de aminoácidos aminoácido óptimo analizar aminoácidos ácido nucleico Número de sustituciones de conteo analizar el par de aminoácidos Análisis de pares de aminoácidos Gran estimación de la filogenia Análisis de secuencia de aminoácidos Analizar la secuencia de aminoácidos. Clasificación de aminoácidos Topología de aminoácidos Análisis de aminoácidos Relación filogenética Aminoácidos Detector de amino-ácido detectar aminoácidos Estimación de esfuerzo Analizar la cadena de aminoácidos. bucles ácidos previsto rendimiento esperado pro ácido ACID Pro 7

Gz-gamma Descripción

GZ-Gamma se desarrolló para estimar el número esperado de sustituciones de cada sitio de aminoácidos (nucleótidos), y el parámetro de forma gamma para la variación de la velocidad entre los sitios, utilizando una combinación de inferencia de secuencia ancestral y estimación máxima de la probabilidad cuando las relaciones filogenéticas de estos Se conocen secuencias homólogas. Este paquete contiene dos programas: gz-aa.exe para secuencias de aminoácidos, y gz-dna.exe para secuencias de ADN, que están codificadas en lenguaje C. Para usar el programa, necesita un archivo de entrada que contenga las secuencias de aminoácidos (o nucleótidos) y la topología de árbol de estas secuencias (consulte ATP6.AA por ejemplo). Este archivo comienza con dos números: el número de secuencias y el número de sitios de aminoácidos o nucleótidos (longitud de secuencia). La segunda línea será el nombre de la primera secuencia, y la tercera línea será la primera secuencia, y así sucesivamente. Cada secuencia debe ocupar una línea sin ninguna interrupción. Solo se permiten las letras (capitalizadas) para los 20 aminoácidos (o 4 nucleótidos) en las secuencias. Las brechas o cualquier otro símbolo deberían haberse retirado. La última línea del archivo es la topología de árbol de las secuencias. El formato de árbol es el mismo que el utilizado en el paquete PHYLIP. Tenga en cuenta que el árbol no está enrojecido, por lo que se requiere la trificación en lugar de la biferación para el nodo de ramificación más profundo

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