Hon-New A MÉTODO PARA LA COMPUTACIÓN DE LAS DISTANCIAS DE NEONNIMIENTES DE NEXYNÓNIMO
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Hon-New Descripción

La Aplicación HON-NEW, fue diseñada para estimar distancias no honiptonas conservadoras entre las secuencias de ADN de codificación de proteínas. El método se modifica del método original de Hughes, OTA y NEI (1990) tomando en cuenta el sesgo de transición. Se proporcionan tres tipos de clasificaciones de aminoácidos (carga, polaridad y la de Miyata y Yasunaga). También se puede definir cambios conservadores y de aminoácidos radicales por uno mismo. Uno puede definir grupos de aminoácidos para que los cambios entre los grupos sean radicales y dentro de los grupos sean conservadores. Para hacer eso, cree un archivo llamado Self.div. En este archivo, la primera línea debe ser los grupos de aminoácidos (por ejemplo, en el caso de carga, hay tres grupos ), la segunda línea es la cantidad de aminoácidos en el primer grupo, Un espacio, y los aminoácidos en el grupo. Se debe utilizar el código de una letra de aminoácidos. La siguiente línea será la información para el segundo grupo. Solo se necesita ingresar la información de los primeros grupos N-1, si hay grupos n en total, porque el último grupo se puede derivar de la información de los primeros grupos N-1.

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