Oligocheck Compruebe la calidad de las sondas filogenéticas y los conjuntos de imprimaciones
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Oligocheck Descripción

Oligocheck es una herramienta basada en Java que fue diseñada para evaluar la robustez, al evaluar un conjunto de imprimación o el rango filogenético de la sonda a medida que aumenta el número de desajustes de base con una secuencia de objetivos potenciales. El usuario suministra un conjunto de cebadores o una sonda para verificar, junto con una base de datos de secuencias de ácido nucleico. Oligocheck Cheques el conjunto de cebadores o la sonda contra cada registro relevante en la base de datos y señala si se producen coincidencias con un número creciente de desajustes de base permitidos. El análisis resultante se muestra en una forma gráfica junto con los datos de registro de secuencia. La capacidad de los conjuntos de cebadores de ácido nucleico y las sondas para unirse exclusivamente a la secuencia de ácido nucleico correcto es fundamental para la orientación precisa de grupos filogenéticos específicos. Dicha especificidad depende en gran medida de la singularidad de la secuencia de ácido nucleico, estos oligonucleótidos se dirigen. Cuanto más única sea la región, más robusta, el imprimador establecido o la sonda se reduzca solo al objetivo previsto, incluso si las variaciones en la temperatura de recocido y otros parámetros bioquímicamente relevantes resultan en la unión de oligonucleótidos con éxito con las diferencias de la base con una o más diferencias de base. Por lo tanto, un conjunto de cebadores o sonda robusta se puede ver como uno que recubra exclusivamente a su objetivo previsto, incluso cuando se permiten uno o más desajustes.

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