Prorrata El análisis cuantitativo de la proteómica de la escopeta se hizo fácil.
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Prorrata Clasificación y resumen

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Prorrata Descripción

Prorata es una aplicación simple diseñada para automatizar el procesamiento y análisis de datos para la proteómica de escopeta cuantitativa. La proteómica de escopeta cuantitativa intenta estimar la abundancia de proteínas en las células de tratamiento en relación con su abundancia en las células de referencia. En tales experimentos, las células de referencia están etiquetadas con isótopos estables a través de etiquetado metabólico, etiquetado enzimático o etiquetado químico, y se mezclan con las células de tratamiento en cantidades equivalentes. Después de la proteólisis, las muestras se analizan con espectrometría de masas en tándem de cromatografía líquida multidimensional. Los espectros de masa tándem adquiridos se utilizan para identificar la secuencia de aminoácidos y las modificaciones post-traduccional de los péptidos proteolíticos. Prorata toma los resultados de identificación peptídica y los datos espectrales de masas como entrada. En este punto, Prorata solo aceptará la salida del programa DTaselect a medida que el resultado de identificación y los datos espectrales de masas en el formato MZXML. Prorata realizará todos los pasos para estimar los índices de abundancia de proteínas y sus intervalos de confianza. Aquellos pasos incluyen: Extracción de cromatogramas de iones seleccionados, detección de picos cromatográficos, estimación de los índices de abundancia peptídica y estimación de las relaciones de abundancia de proteínas. Los resultados de cada uno de estos pasos se pueden verificar manualmente a través de la interfaz de usuario gráfica de Prorata.

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