Protomol Un marco para simulaciones de dinámica molecular.
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Protomol Clasificación y resumen

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Protomol Descripción

Protomol es un marco de componente orientado a objetos útil, basado en componentes, especialmente diseñado para simulaciones de dinámica molecular (MD). El marco admite los campos de fuerza de Charmm 19 y 28A2 y es capaz de procesar archivos de trayectoria de PDB, PSF, XYZ y DCD. Está diseñado para una alta flexibilidad, fácil extensión y mantenimiento, y demandas de alto rendimiento, incluida la paralelización. La técnica de múltiples pasos de tiempo se utiliza para mejorar la eficiencia a largo plazo. El uso de algoritmos de evaluación de fuerza electrostática rápida como Ewald, Malla de partículas Ewald (PME) y Multigrid (MG) Summing mejora aún más el rendimiento. Los pasos de tiempo más largos son posibles usando Molly, Langevin Molly y el Híbrido Monte Carlo, la nariz-Hoover y los integradores de Langevin. Principales características: Un marco basado en componentes orientados a objetos para simulaciones de dinámica molecular Diseñado para una alta flexibilidad, fácil extensión y mantenimiento, y las demandas de alto rendimiento Paralelización incremental que combina un entorno secuencial y paralelo Soporte de esquemas de integración genéricos múltiples de paso de tiempo Fuerzas y potenciales genéricos Evaluación de la fuerza electrostática rápida Algoritmos: Sumación Ewald, O (N3 / 2) partícula-malla-ewald, O (n log n) Método Multi-Grid, O (N) Soporte de formatos de E / S comunes (pre-procesamiento previo y posterior) 106 sistemas de partículas

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