Tiempo de elución normalizada (NET) Utilidad de predicción COMPUTE PRODUCIDO PREDEDIDOS Tiempo de elución normalizados para las secuencias de péptidos
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Tiempo de elución normalizada (NET) Utilidad de predicción Clasificación y resumen

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Tiempo de elución normalizada (NET) Utilidad de predicción Descripción

Tiempo de elución normalizada (NET) La utilidad de predicción es una utilidad pequeña diseñada para calcular los valores de tiempo de elución normalizados previstos (netos) para una lista de secuencias peptídicas. Los tiempos de elución están diseñados para su uso con cromatografía líquida de fase invertida (por ejemplo, utilizando análisis de partículas de sílice recubiertas C18, y se utilizan en nuestro laboratorio para alineación de conjuntos de datos LC-MS y LC-MS / MS entre sí (utilizando los tiempos de elución predichos para formar un conjunto de datos master en sílice para alinear cada conjunto de datos a). Los tiempos de elución predichos también son utilizados por el simulador de la digestión de la proteína básica cuando se calculan el número de péptidos de identificación única dentro de un archivo de entrada usando tanto la masa como la red. La utilidad de predicción neta lee los péptidos de un archivo de texto que contiene una secuencia peptídica en cada línea. El archivo de salida incluye la secuencia peptídica más el valor neto predicho (y / o el valor SCX previsto) usando uno o todos los algoritmos de predicción: · Modelo de tiempo de retención de kangas / petritis lc · Modelo de fracción de kangas / petritis scx · Modelo de hidrofobicidad de Krokhin. · Modelo de hidrofobicidad MANT.

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