Asgard Asgard es un software de reconstrucción de vía metabólica.
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Asgard Clasificación y resumen

Asgard Etiquetas

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Asgard Descripción

Asgard es un software de reconstrucción de vía metabólica. Asgard es un software de reconstrucción de vías metabólicas, pero también genera otros tipos de anotación de secuencia biológica (NÚMEROS DE IR, Informes de explosión). La herramienta Asgard está destinada a ejecutarse en sistemas similares a los Unix, y admite SGE o PBS.ASGARD y su documentación se liberan bajo el GNU GPL V.3 y GNU FDL v. 1.2 (consulte Doc / Copia y Doc / Doc / Doc_License para el LICENCIAS). A pesar de que el relieve también se libera bajo la GPL, el código fuente no se incluye con Asgard, ya que los binarios incluidos se compilaron sin modificación del original. Si desea el código fuente para Splitter, póngase en contacto conmigo, o obtengalo directamente desde la distribución de Embure. Revise el manual (DOC / ASG_MANUNUAL.PDF) en el directorio / DOC para obtener detalles sobre la instalación y el uso de las utilidades asgard y acompañadas. : -v muestra la versión del programa y las salidas; -H Muestra este mensaje de ayuda y salidas; Este programa se puede ejecutar comenzando con secuencias de ADN largas o DCN de tamaño genético o secuencias de proteínas. -W Use esta opción si tiene secuencias pequeñas para anotar, no se romperán en secuencias más pequeñas para Blast. (Predeterminado: secuencias largas): el archivo GFF no se crea, -G y -s se ignoran; -B Haz la primera explosión contra el DB general solo y detiene (sin reconstrucción metabólica); -Q Iniciar desde el segundo paso de la tubería (explosión contra la DB general previamente realizada); -z solo dura el último paso de la tubería (segundo, "Blast" inverso "ya hecho); Obligatorio: -i archivo FASTA con la (s) secuencia (s) que desea anotar; -P Programa de explosión para usar, uno de Blastn, Blastp, Blastx, Tblastn o Tblastx (consulte la documentación de explosión si no sabe cuál usar); -d Blast Database to Use (generado por FormatDB, consulte BLAST DOCS; para reconstrucciones metabólicas, esta base de datos se deriva idealmente de Swissprot; Solo para explosión general, cualquier base de datos hará); * -F con secuencias FASTA correspondientes a la base de datos BLAST; -l ubicación de los archivos de mapeo, necesarios para el último paso de la reconstrucción (-z); opcional: -e valor electrónico a utilizar en búsquedas de explosiones (predeterminado: 1E-6); -P no enviar trabajos al software de programación (PBS / SGE); -J Número máximo de visitas para regresar en cada Búsqueda de Blast (10); -M Formato de salida para resultados de explosión (solo válido para -b, predeterminado: 8); -s tamaño para romper la secuencia original, si no está usando -W (500 BP); -n número de nodos para usar para explosión, primera iteración (10); -Un número de procesadores por nodo para usar para cada comando BLAST (1); -K Mantenga los archivos intermediarios (bases de datos y resultados de Blast), el valor predeterminado lo elimina, pueden tomar mucho espacio. -B Cualquier parámetros adicionales que desee usar para Blast, esto debe estar rodeado de cotizaciones (doble o individual), como "-f F" o '-F F', por ejemplo, o la salida será incorrecta.

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