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Ir :: View es un módulo Perl que crea una imagen GIF o PNG para visualizar la DAG GO. Ir :: View es un módulo PERL que crea una imagen GIF o PNG para visualizar el módulo Go Dag. Este módulo PERL genera un gráfico que muestra las relaciones padre y los hijos de un término GO seleccionado. También proporciona la visualización para el módulo IR :: TERMFINDER PERL creado por la base de datos de Microarrays de Stanford (SMD). Este módulo es útil cuando se analizan los resultados experimentales o computacionales que producen un conjunto de productos genéticos que pueden tener una función o proceso común. Uso de SHNOPSIS. My $ GOVIEW = GO :: Ver-> Nuevo (-goid => $ GOID, -EntologyProvider => $ Ontología, -annotationprovider => $ anotación, -termfinder => @pvalues, -aspect => 'p', -configfile => $ conffile, -imagedir => "/ tmp", -imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp", -imagename => "goView.88.png", -tree => 'up ',Nodeurl => $ Gourl, -Geneurl => $ Geneurl, -PvalueCutoff =>' 0.01 ', -imagelabel => "SGD"); El argumento requerido espera datos y tipo ---------------------------------------------- ------------------------------ NOGOID NO UNA ID DE ONTOLOGÍA GENES (GOID). Si no se pasa nada, el módulo utilizará la salida superior de cada sucursal de ontología (I.E, GOID para Molecular_Function, Biological_Process, o Cellular_Component) -EntologyProvider Sí, una instancia del proveedor de ontología. -AnotationProvider No Una instancia de proveedor de anotación. Se requiere para la creación de un lugar del Finder de Árbol para GO. -Termeccionamiento No hay una matriz de referencias de hash devueltas del método de 'Findterms' de IR :: Módulo Termfinador. Se requiere para la creación de un lugar del Finder de Árbol para GO. -Aspect no. El aspecto del proveedor de ontología. Se requiere para la creación de un lugar del Finder de Árbol para GO. -Configfile Sí El archivo de configuración para configurar las variables generales para la pantalla gráfica. -imagedir Sí El directorio para almacenar el archivo de imagen recién creado. Debe ser un mundo (nadie) legible y grabable si desea mostrar la imagen a la web. -ImageUrlroot No la raíz de la URL para el -imagedir. Se requiere si desea mostrar la imagen a la web. -Imagename no el nombre del archivo de imagen. De forma predeterminada, el nombre será algo así como 'giew.xxxx.png'. El 'XXXX' será el ID de proceso. No se debe proporcionar un sufijo para la imagen (.PNG o .gif), ya que se determinará en el tiempo de ejecución, dependiendo de las capacidades de la biblioteca GD. -TreeType no. El tipo de árbol. 1. Up => Mostrar el árbol de antepasados ​​para el goid dado. 2. Abajo => Mostrar el árbol descendiente para el goid dado. De forma predeterminada, mostrará el árbol descendiente. -Envío No la URL para cada gen para enlazar. Debe tener el texto en la URL que será sustituida por la REAL GOID para un nodo. -Nodeurl No la URL para cada nodo Go para enlazar. Debe tener el texto en la URL que será sustituida por la REAL GOID para un nodo. -PValueCutOff No el límite de valor de P para mostrar el gráfico para el buscador de plazo GO. El valor predeterminado es 0.01 -imagelabel No la etiqueta de la imagen que aparecerá en la esquina inferior izquierda del mapa. ---------------------------------------------------- ---------------------- Para mostrar la imagen en la web: $ GOVIEW-> ShowGraph; Para crear y devolver el nombre del archivo de imagen con la ruta completa: My $ ImageFile = $ GOVVIE-> createImage; Requisitos: · Perl

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