Lfpy Un módulo para modelar los potenciales de campo locales construidos en la neurona
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Lfpy Descripción

LFPY es un módulo de Python para el cálculo de los potenciales extracelulares a partir de modelos de neuronas multicomplicas. Se basa en el simulador de neuronas (http://www.neuron.yale.edu/neuron) y utiliza la interfaz de Python (http: //www.frontiersin. ORG / NEUROINFORMATICICA / 10.338 /neuro.11.001.2009/abstract) Se proporciona.LFPY proporciona un conjunto de clases de python fáciles de usar para configurar su modelo, ejecutando sus simulaciones y calculando los potenciales extracelulares derivados de la actividad en su neurona modelo . Si ya tiene un modelo que trabaja en la neurona, es probable que se pueda adaptar para trabajar con LFPY. Los potenciales extracelulares se calculan a partir de las corrientes de transmembrana en modelos de neuronas de múltiples compartimentos utilizando el método de fuente de línea (Holt y Koch, J comp Neurosci 1999), pero también está disponible un método de fuente de punto más simple. Los cálculos asumen que la neurona está rodeada por un medio extracelular infinito con una conductividad homogénea y independiente de la frecuencia, y se supone que los compartimentos son al menos en una distancia mínima del electrodo (que puede especificar el usuario). Para obtener más información sobre la biofísica subyacente al marco numérico utilizado, consulte este capítulo del libro que viene: - K.H. Pettersen, H. Linden, a.m. Dale y G.t. EineVoll: picos extracelulares y densidad de fuente de corriente, en * Manual de medición de actividad neural *, editada por R. Brette y A. destexhe, Cambridge, para aparecer la preimpresión PDF.in La versión actual LFPY está diseñada principalmente para la simulación de neuronas individuales. LFPY se desarrolló en el Grupo de Neurociencias computacionales (http://compineuro.umb.no), Departamento de Ciencias Matemáticas y Tecnología, en la Universidad Noruega de Ciencias de la Vida (http://www.umb.no), en colaboración con el Laboratorio de neuroinformática (http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory-of-nouroinformatics), NENCKI Institute of Experimental Biology (http://www.nencki.gov.pl), Varsovia, Polonia. El esfuerzo fue apoyado por la instalación de coordinación de neuroinformáticos internacionales (http://incf.org) y el Consejo de Investigación de Noruega (http://www.forskningsradet.no/english) (conciencia, nevronor). Para obtener información actualizada sobre LFPY y Documentación en línea, consulte la página de inicio de LFPY (http://compeuro.umb.no/lfpy). Este software científico se publica bajo la licencia pública GNU GPLV3.INSTALLACIÓN, hay diferentes maneras de instalar LFPY: 1. Desde el índice de paquetes de Python con solo acceso local utilizando PIP PIP install --user lfpy como sudoer: sudo pip instale lfpy2. Desde el índice de paquetes de Python con solo acceso local utilizando Easy_Install Easy_Install --user lfpy como sudoer: sudo easy_install lfpy3. De Fuente: tar -xzf lfpy-x.x.tar.gz cd lfpy-x.x (sudo) Python Setup.py install (--user) Página de inicio del producto

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