Perlprimer Perlprimer es una aplicación GUI gratuita de código abierto escrita en Perl.
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Perlprimer Descripción

Perlprimer es una aplicación GUI gratuita de código abierto escrita en Perl. Perlprimer es una aplicación GUI gratuita de código abierto escrita en PERL que diseña cebadores para PCR estándar, PCR de bisulfito, PCR en tiempo real (QPCR) y secuenciación. Perlprimer tiene como objetivo automatizar y simplificar el proceso de diseño de imprimación. Aquí hay algunas características clave de "PerlPrimer": · Cálculo de posibles dímeros imprimadores · Recuperación de secuencias genómicas o de ADNc de Ensembl (incluidas ambas secuencias automáticamente para QPCR) · Capacidad para explotar Los cebadores de búsqueda que utilizan el servidor NCBI o un servidor local · Los resultados se pueden guardar u exportarse opcionalmente en un formato delimitado por pestaña que sea compatible con la mayoría de las aplicaciones de hoja de cálculo. · ORF y algoritmos de detección de islas de CPG · Capacidad para agregar secuencias de clonación a los cebadores, ajustados automáticamente Para estar en el marco · Diseño de imprimación QPCR sin el límite de intron-exón manual Entrontery Entryperlprimer calcula la temperatura de fusión de la imprimación utilizando los parámetros termodinámicos extensos de J. Santalucia. Para ajustar las condiciones de sal de la PCR, Perlprimer utiliza la fórmula empírica derivada por Von Ahsen, et al. (2001) y permite al usuario especificar la concentración de MG2 +, DNTPS y cebadores, o usar condiciones de PCR estándar. El resultado es una predicción altamente precisa de la temperatura de fusión de la imprimación, dando lugar a un producto máximo de producto cuando se amplifica.perlprimer está escrito en Perl y Perl / TK. Además, para la funcionalidad QPCR Perlprimer utiliza el ejecutable Spidey Spidey de código abierto de NCBI, y se usa los datos de enzimas de restricción del proyecto REBASE al agregar sitios de clonación. El programa está diseñado para ser compatible con la plataforma cruzada y se ha desarrollado y probado en los sistemas operativos basados ​​en Microsoft Windows y GNU / Linux. Los usuarios también han reportado éxito utilizando el programa bajo Mac OS X.¿Qué nuevo en esta versión: · compatibilidad con Ensembl se restauró una vez más (el cambio leve en la salida de búsqueda fue causando problemas)

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