trazador TRACER es un programa para analizar los archivos de seguimiento generados por la ejecución de MCMC Bayesian.
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BESTIA Analizador de seguimiento MCMC bayesiano Analizador bayesiano LAMARC Mrbayes

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Tracer es un programa para analizar los archivos de seguimiento generados por las carreras de MCMC Bayesian. Tracer es un programa para analizar los archivos de seguimiento generados por las ejecuciones de MCMC Bayesian (es decir, los valores de parámetros continuos muestreados de la cadena). El proyecto se puede utilizar para analizar las ejecuciones de BEAST, LAMARC, MRBAYES y posiblemente otros programas MCMC. Aunque Tracer se puede usar con programas distintos de la bestia, se recomienda encarecidamente a los usuarios que se unan a la lista de correo de la Bestia. Esto se utilizará para anunciar nuevas versiones y asesorar a los usuarios sobre errores y problemas. Puede unirse a la lista de correo aquí: http: //groups.google.com/group/bebeast-userstheE Sitio web para Bestia (y Tracer) está aquí: http : //bebeast.bio.ed.ac.uk/AT presente No hay manual detallado para esta aplicación, simplemente tendrá que jugar y ver qué sucede. Básicamente, puede seleccionar el archivo de seguimiento en la parte superior izquierda de la ventana, el parámetro individual en la parte inferior izquierda y el análisis aparece a la derecha. Hay 4 pestañas de análisis para elegir: · Estimaciones: esto muestra la media, STDEV, confianza Intervalos y otras estadísticas sobre el parámetro seleccionado. También se trata de una distribución de frecuencia. · Densidad: esto muestra la trama de densidad posterior bayesiana para el parámetro seleccionado. · Conjunto-marginal: esto solo aparece si se seleccionan exactamente 2 parámetros (mantenga presionada el turno para seleccionar varios parámetros). Luego, parece que uno contra el otro mira su distribución marginal conjunta. · Rastreo: esto muestra la traza del parámetro contra el número de estado o de generación. Use esto para verificar la mezcla, elija una grabación adecuada y busque las tendencias que puedan sugerir problemas con la convergencia. Los parámetros de Multiple se pueden seleccionar manteniendo presionado la tecla Mayús. Esto superpondrá las parcelas para los diferentes parámetros que permiten realizar comparaciones. También puede seleccionar varios archivos de seguimiento también para comparar diferentes ejecuciones. Si varios archivos de seguimiento tienen los mismos nombres de seguimiento, entonces aparecerá automáticamente una traza "combinada". Esto se puede seleccionar, así como los archivos de rastreo individuales. También puede seleccionar el "Análisis demográfico" en el menú Analizar: esto considera la distribución de tamaños de población demográfica a lo largo del tiempo para una serie de modelos (tamaño constante, crecimiento exponencial y crecimiento logístico. ) Que están disponibles en bestia. Esto le implica seleccionar las huellas para cada parámetro del modelo. Solo debe seleccionar el modelo que realmente se ejecutó en Bestia (por ejemplo, si realizó un modelo de crecimiento exponencial, no debe trazar el modelo de tamaño de población constante). El menú "Análisis" también contiene opciones para realizar reconstrucciones de horizonte bayesianas y para Cálculo de los factores de Bayes entre las carreras. La función "Imprimir" en el menú "Archivo" imprimirá el gráfico o la tabla actuales y la función "Datos de exportación" se puede usar para exportar los datos de las parcelas para su uso en otro paquete gráfico. El gráfico que se muestra actualmente usa la función "Exportar PDF" en el menú "Archivo". Requisements: · Java Runtime Environment (JRE) 1.5 o más tarde, lo que es nuevo en esta versión: Nuevas características: · Distribuciones de superposición de diferentes archivos y estadísticas · Más control sobre PLUNTACIÓN · Exportación de gráficos como PDF y datos en bruto de la mayoría de las opiniones · Cálculo de factores de Bayes para comparar las ejecuciones con diferentes modelos · RECONSTRUCCIONES DE DEMOGRÁFICA DE SUPERIOR INCLUSIONES INCLUYENDO PLACTAS DE SKYLINE · Puntos translúcidos para el marginal doblado D Enseñitaciones · Analismo de ensayo de ESS más rápido y más preciso fijados: · Esta es una recreación casi completa, por lo que todos los errores son nuevos

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