Bioimagen Software de código abierto gratuito para análisis y visualización de imágenes biomédicas multidimensionales
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Software de código abierto gratuito para análisis y visualización de imágenes biomédicas multidimensionales BIOIMAGEXD es un software gratuito de código abierto que lo ayudará a analizar, procesar y representar datos multidimensionales, de varios datos, datos de imágenes de la serie de tiempo de Microscopy y otras fuentes. Aquí hay algunas características clave de "bioimagexd": Viendo de la imagen: Abra los datos en formatos de microscopía comunes (o imágenes o pilas de imágenes y series de tiempo), y vea la imagen de datos por imagen. Los formatos de datos compatibles incluyen: · Archivos de Carl Zeiss .lsm · Olympusfv1000 .oif · Archivos de datos de microscopio de Leica Confocal SP2 .TXT y SP5 .lif · Importaciones de pilas de imágenes numeradas · Archivos de imagen VTK XML · La visualización de la imagen es aproximadamente comparable al Carl Zeiss gratuito y otros espectadores de imágenes del fabricante confocal, pero con una mejor representación en 3D. Los modos de visualización Avaialble son: rebanadas, secciones ortográficas, proyección de intensidad máxima y representación 3D. Los datos de la serie de tiempo son compatibles. Procesamiento de imágenes: · Ajuste el color / brillo / contraste / gamma, cambio de color o paleta de un conjunto de datos / canal, filtre el ruido, corrija para el blanqueo de fluorescencia en los datos de la serie de tiempo. · Segmentación 3D y objeto Ananlysis. Representación de volumen 3D: · Los conjuntos de datos 3D se pueden producir de forma interactiva, usando · Software Ray Fasting (más lento pero más bonito. Acelerado por tener muchos procesadores) · Mapeo de la textura de la tarjeta de gráficos OpenGL (más rápido pero más bajo - Dependiendo del tamaño de la mente de la textura) · Terarecon Inc. Placa de fundición de rayos de hardware de Terarecon Inc. (Soporte en desarrollo) · Las funciones de transferencia de color y opacidad son totalmente definidas por el usuario. Puede hacer volumen un conjunto de datos RGB múltiple fusionado para ver la colocalización en 3D, o representa un mapa de colocalización en 3D. BioImageXD utiliza la interfaz VTK con OpenGL. Planeamos habilitar la visualización estéreo de hardware (volteo de páginas tamponadas cuádruples y anaglifo rojo-azul rojo, y otros modos). ¡Podrás romper esas gafas 3D y realmente "ver" sus datos! Este es el futuro de la microscopía 3D. Hacer peliculas: · Use el módulo de animador para configurar una ruta de la cámara alrededor de sus datos 3D, y hacer una película de ella girando y volar, aunque haga zoom de alguna manera que le guste. Los datos de la serie de tiempo son compatibles con: "Datos 4D". · Análisis de colocalización. · ¡Sabemos que todos los biólogos celulares que usan microscopía confocal siempre están buscando una colocalización! Nuestra herramienta de colocalización le permite analizar la colocalización de la intensidad de la señal en un conjunto de datos de múltiples canales 3D, evitando el problema de la colocalización falsa observada en las imágenes de proyección Z-stack y realiza algunos análisis estadísticos que le brindan números difíciles sobre la cantidad y la calidad de Colocalización en sus datos. Utiliza algoritmos similares a aquellos en ImageJ, por ejemplo, el complemento WCIF para los umbrales automáticos de colocalización, utilizando el método de costés et al. · Adjudiciales de Manders y análisis de significación estadística, con la exportación de estadísticas de Histograma / ScatterPlot y Resultados 2D

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