Matrixgen Aplicación de bioinformática de código abierto y de código abierto que lo ayudará a generar matrices de puntuación
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Matrixgen Clasificación y resumen

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Matrixgen Descripción

Aplicación de bioinformática de código abierto y abierto que lo ayudará a generar matrices de puntuación MATRIXGEN es una aplicación bioinformática utilizada para generar matrices de puntuación desde el análisis de los conjuntos de datos de aminoácidos y ADN alineados. Luego, estas matrices pueden ser utilizadas por clustal para generar alineaciones más precisas. Hay muchos algoritmos para determinar la similitud de las proteínas y alinear las proteínas. También hay muchos programas para hacer esto. Matrixgen no es un programa de alineación. Sin embargo, sí, interopera con programas de alineación para proporcionar un alineamiento más preciso. Métodos para alinear las proteínas confían en una matriz ponderada para anotar la probabilidad de transiciones de un aminoácido a otro. La alineación con la puntuación más alta se juzga entonces la alineación más correcta. Estas matrices ponderadas se generan analizando fácilmente los conjuntos de proteínas alineados anteriormente para poder determinar la probabilidad de mutación de un aminoácido particular en un contexto evolutivo. Estas matrices se presentan generalmente como un registro de la matriz de probabilidades (LOD). Cada elemento de una matriz LOD es el logaritmo de una proporción de probabilidades. Específicamente, las probabilidades consideradas son la probabilidad observada de un par de aminoácidos sobre la probabilidad esperada de un par de aminoácidos.Matrixgen calcula estas probabilidades según lo descrito por Henikoff y Henikoff. Matrixgen no hace bloquear la agrupación según lo descrito por este mismo documento. La idea detrás de Matrixgen es crear una matriz específicamente para la proteína que está alineando utilizando un conjunto de datos de proteínas muy similares. Matrixgen también generará matrices de distancia y le dará otras estadísticas útiles sobre su conjunto de datos.

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