Snoopcgh Construido para visualizar y comparar datos de hibridación genómica
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Snoopcgh Clasificación y resumen

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Snoopcgh Descripción

Programa construido para visualizar y comparar datos de hibridación genómica. Snoopcgh es una aplicación de escritorio Java gratuita y de código abierto, creado para visualizar y explorar datos de hibridación genómica comparativa (CGH). Snoopcgh permite al usuario analizar de forma interactiva varios conjuntos de datos simultáneamente. La entrada se basa en un formato de tabulación, espacio o delimitado por comas, que contiene series de valores de intensidad de registro correspondientes a una o más comparaciones o muestras. Suministra las parcelas CGH con Zoom ilimitado (en ambos ejes) que se puede explorar de forma interactiva con el mouse. El uso de múltiples capas, que se puede apilar y combinar, facilita la visualización de los datos. Es posible aplicar varias capas a una parcela para filtrar las proporciones de CGH o realizar un análisis estadístico en las regiones de interés. Los métodos de análisis se han implementado y habilitados la visualización rápida y la disección de las variaciones estructurales putativas (SVS). En particular, los datos se alisan utilizando un algoritmo basado en wavelets de mayor, y las islas de SVS potenciales se estiman utilizando SW-Array. Una característica potente de Snoopcgh es su capacidad para interactuar con archivos de anotación descargables (por ejemplo, EMBL) de los navegadores genómicos, que incluyen información sobre los nombres de los genes y las características genómicas (por ejemplo, contenido de GC). El usuario tiene una representación visual de las anotaciones al pie de la parcela y puede acceder fácilmente a la información textual detallada haciendo clic en ellos o por búsqueda textual. Se incorporan enlaces directos a los principales navegadores genómicos. Requisitos: · Java 1.6 o posterior

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