Varscan Detección de variantes en datos de secuenciación masivamente paralelos
Descargar ahora

Varscan Clasificación y resumen

Varscan Etiquetas

identificar secuencia snp Identificar SNP muestra seqeuencer identificador SNP

Varscan Descripción

Detección de variante en datos de secuenciación masivamente paralelos. Varscan es una herramienta de software gratuita y de código abierto, independiente de plataforma, independiente de la plataforma para identificar SNPS y trata de una secuenciación masiva en paralelo de muestras individuales y agrupadas. Dados datos para una sola muestra, Varscan identifica y filtra las variantes de la línea germinal en función de los recuentos de lectura, la calidad de la base y el alelo Frecuencia. Dados datos para un par de tumores-normales, Varscan también determina el estado somático de cada variante (línea germinal, somática o loh) al comparar los recuentos de lectura entre muestras. Aquí hay algunas características clave de "Varscan": · Llama SNPS e INDELS de SamTools PileUp Files · Filtros variantes por cobertura, profundidad de lectura, frecuencia de variante y calidad de la base · Determina el estado somático (somático, germinal, LOH) para pares de tumores normales · Compara, se fusiona e intersecta dos listas de variantes · Limita las llamadas de variante a un conjunto de posiciones de destino o regiones de destino. · Gratis para uso no comercial. Requisitos: · Java

Varscan Software relacionado