Bbrowser

Berkeley Quantitative Genome Browser
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Bbrowser Clasificación y resumen

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  • Rating:
  • Licencia:
  • Freeware
  • Nombre del editor:
  • Michael Eisen
  • Sistemas operativos:
  • Windows All
  • Tamaño del archivo:
  • 5.3 MB

Bbrowser Etiquetas


Bbrowser Descripción

El nombre Bbrowser representa el navegador de genoma cuantitativo de Berkeley. BQGB duplica gran parte de la funcionalidad de visualización de anotación típica de un navegador genómero, pero con un énfasis en datos personalizados y cuantitativos, como los que se producen en la secuenciación de alto rendimiento y los estudios de asociación de ancho genoma. La aplicación se ejecuta localmente en la computadora de escritorio o computadora portátil de un usuario, evitando el retroceso lento de los navegadores del genoma basados ​​en la web. BQGB espera que los archivos de datos sean locales en el proceso de la aplicación y en un formato de archivo, como GFF, cama, SGR, WIG, FASTA o cualquier formato delimitado de la columna que proporcione ubicaciones de posición de secuencia y par de bases. Esta topografía generalmente debe ser más rápida que la de una base de datos remota central más navegador basada en la web cuando se trabaja con muchos archivos personalizados, es decir. ¡Descargar una sola anotación de referencia a la máquina local de uno es más rápido que la carga de cientos de archivos de datos personalizados a un servidor remoto! Las necesidades de navegación son variadas y se debe esperar que ninguna herramienta de visualización proporcione información sobre los diversos fenómenos de la genética molecular, desde los SNP altamente localizados, a elementos reguladores cercanos y lejanos, a las relaciones trans, a distantes relaciones trans que pueden incluso abarcar especies altamente divergentes. Más allá de las visualizaciones envasadas con BQGB, la aplicación proporciona una API de código abierto destinada a facilitar el trabajo de desarrollo continuo que aborda las necesidades de visualización y exploración en evolución de la investigación genética molecular.


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