Iqpnni Rompecabezas importantes de Cuarteto y Operación NNI
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Iqpnni Descripción

El nombre IQPNNI significa un importante rompecabezas de Cuarteto y Operación NNI. Se introduce un método eficiente de reconstrucción de árbol (IQPNNI) para reconstruir un árbol filogenético basado en datos de la secuencia de ADN o aminoácidos. Nuestro enfoque combina varios algoritmos rápidos para generar una lista de posibles árboles candidatos. El ingrediente clave es la definición de los llamados cuartetos importales (IQS), que permiten el cálculo de un árbol intermedio en el tiempo de O (n ^ 2) para N secuencias. El árbol resultante se optimiza aún más al aplicar la operación del intercambio de intercambio (NNI) del vecino más cercano. Posteriormente, una fracción aleatoria de las secuencias se elimina del mejor árbol encontrado hasta ahora. Luego, las secuencias eliminadas se reinsercan en el árbol más pequeño utilizando el algoritmo importante de Dimlet Dustrallo (IQP). Estos pasos se repiten varias veces y el mejor árbol, con respecto al criterio de probabilidad, se considera como el árbol filogenético inferido. Además, sugerimos una regla, que indica cuándo detener la búsqueda. Principales características: Los estimaciones de parámetros de modelo fallan en casos raros para el modelo rico en parámetros Invar + tasa de gamma heterogeneidad Número de compatibilidad con GCC 4.3.2 Bionj Tree ahora se reconstruye dos veces desde las distancias iniciales y las distancias de máxima probabilidad corregida

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