MALIGN es una aplicación pequeña basada en el sistema, diseñada para ofrecerle algunos procedimientos de alineación múltiples que están cerca de los paralelos a los que se utilizan para buscar cladogramas de longitud mínima. Las topologías de alineación se construyen a través de diferentes secuencias y mejoran a través del intercambio de rama. Cada topología de alineación produce una alineación múltiple y los cladogramas se construyen a partir de esa alineación. El costo del cladograma más parsimonioso se asigna como el costo de alineación múltiple.
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