Metasim Generar Synthetic Lee Collections con esta aplicación.
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Metasim Clasificación y resumen

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Analizar generar Soporte de dispositivos sintéticos Controlador de red sintética Sintético coro sintético forma de onda sintética Paisaje de sonido sintético sistema biológico sintético discurso sintético Conjunto de datos metagenomas sintético lee colección crear ontologías sintéticas Generador de ontologías sintéticas generar ontologías sintéticas

Metasim Descripción

METASIM es una herramienta útil especialmente diseñada para ayudarlo a generar colecciones de lecturas sintéticas que reflejen la diversa composición taxonómica de los conjuntos de datos típicos de metagenomas. Basado en una base de datos de genomas dados, el programa le permite al usuario diseñar un metagenoma especificando el número de genomas presentes en diferentes niveles de la taxonomía NCBI, y luego recopilar lee del metagenoma utilizando una simulación de una serie de diferentes tecnologías de secuenciación. . Un muestreador de población opcionalmente produce secuencias evolucionadas basadas en genomas de origen y un árbol evolutivo dado. Los conjuntos de datos resultantes se pueden usar como escenarios de prueba estandarizados para planificar proyectos de secuenciación o para ensamblador de evaluación comparativa y software metagenómico. Principales características: Integra una base de datos para las secuencias de origen del genoma Genera conjuntos de lecturas sintéticas o pares de mate basados ​​en modelos de error de secuenciación adaptables (por ejemplo, para la química de Sanger, Roche's 454 e Illumina (ex Solexa) Permite al usuario configurar los valores de abundancia para cada organismo para modelar composiciones taxon específicas proporciona un muestreador de población para generar secuencias evolucionadas basadas en genomas de origen y un árbol evolutivo dado se puede controlar a través de la interfaz gráfica de usuario o en el modo de línea de comandos

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