Nuevo ng Un método Nei-Gojobori modificado para computar y sinónimo de distancias sinónimos
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secuencia secuencia de ADN ADN nucleótido Tasa de no sinónimo encontrar distancias patrísticas distancia sinónimo distancia no sinónimo Distancia radídica radical Sustitución sinónimo Sustitución no hídón Método Racional Modificado sinónimo

Nuevo ng Descripción

La aplicación NG-New se desarrolló una pequeña herramienta de línea de comandos para estimar distancias sinónimos y sinónimos entre las secuencias de ADN de codificación de proteínas. El método se modifica del método original de NEI y GOJOBORI (1986) para tener en cuenta el sesgo de transición. Para usar el programa, necesita un archivo de entrada que contenga las secuencias de ADN de codificación de proteínas (consulte RNase.seq para un ejemplo). Este archivo comienza con dos números: el número de secuencias y el número de nucleótidos por secuencia (longitud de secuencia). La segunda línea será el nombre de la primera secuencia, y la tercera línea será la primera secuencia, y así sucesivamente. Solo se permiten a, g, c, t, a, g, c y t. Las brechas deben eliminarse y las secuencias deben estar alineadas de antemano. Las secuencias solo deben incluir regiones de codificación de proteínas, con los codones de parada eliminados.

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