La aplicación PDBSUP se desarrolló para ser una pequeña herramienta que le proporciona un medio para determinar la matriz de rotación y el vector de traducción para la mejor posición de ajuste de dos archivos PDB. PDBSUP es capaz de lograr su objetivo resolviendo el problema del valor de vigilancia de cuaternión. Para ejecutar la aplicación, puede iniciarlo desde la consola de la línea de comandos.
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