Prosat Juego de herramientas de anotación de residuos de proteínas
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Prosat Clasificación y resumen

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anotación Plug-in de anotación Annotation SDK Anotación ActiveX proteína Anotación de video recuperar proteínas analizar proteínas proteína comparar Anotación PDF Anotación geométrica Anotación semántica Anotación de gráficos molécula de proteínas Biblioteca de anotación procesador de anotación Anotación de imágenes Anotación Léxica-Cohesión Anotación semi-automatizada oyente de anotación Anotación Restaurante Anotación de símbolos de depuración CLI de anotación Anotación de texto crear anotación Identificación de proteínas Sintetizador de proteínas Cristalización de proteínas translocación de proteínas lista de proteínas Visualización de proteínas Anotación de secuencia herramienta de anotación Número de anotación Anotación de Ruby Anotación del sitio Ver anotación extracción de proteínas proceso de anotación Anotación de Transcripción Refinamiento de estructuras de proteínas. estructura de proteínas Características de la proteína geométrica Anotación cromosómica Anotación de genes Anotación de imágenes Anotación de ensayo Asignar anotación Código de anotación Anotación de audio Daludamiento regulado de la proteína validar la proteína regulada Espectador de proteínas residuo cuadrático no residuo cuadrático residuo Menos residuos cuadráticos anotación del discurso Magnower de anotación Analizador de anotación Anotación intuitivo Analizar la base de datos de proteínas Evolución de la proteína Prueba de proteínas Anotación de dibujo dicroísmo proteico estructuras de proteínas Anotación de datos Anotación basada en ontología Residuo de proteínas Residuo aminoácido SVM Constructor Anotación funcional Sistema de anotación de ADNc evaluar el complejo de proteínas Predicción del complejo de proteínas Ver complejo de proteínas por ciento de residuos Residuos de aminoácidos Navegador de proteínas preparar la anotación de la estructura Banco de datos de proteínas Brookhaven editor de anotaciones ver proteína Ver archivo de proteínas analizador de proteínas Anotación mundial de viento pantalla de visualización hacer anotación Coloque la anotación Anotación de mapa control de anotación Ver secuencias de proteínas Visor de secuencias de proteínas Anotación de nucleótidos simular la evolución de las proteínas Simulación de evolución de proteínas. Alinear proteínas Visualizar proteínas Proteína mascota Anotación máxima Interacción de proteínas render proteína Ver archivos de proteínas Gestionar el banco de datos de proteínas Vizalizador de proteínas Estructura de proteínas 3D eliminación de anotaciones Anotación Kodak cómo jugar Xharbour ActiveX XLS a DTD DivX Codec Linux Controlador de video Toshiba canciones de karaoke para Desfieze 7.00.020.3172 Etiqueta de CD de ZweckForm Autocad 2008 abajo ISO R773 PDF

Prosat Descripción

El kit de herramientas PROSAT se desarrolló para ser un conjunto de programas que permiten crear modelos basados ​​en SVM para anotar residuos de aminoácidos en secuencias de proteínas utilizando características suministradas por el usuario (como perfiles de PSI-BLAST, o perfiles Psipred). En particular, el kit de herramientas crea características utilizando una ventana alrededor del residuo, y está equipado con una función de kernel especializada (función de kernel exponencial de segundo orden normalizado NSOE) junto con la función estándar del kernel SVM. prosat_learn es el programa para aprender los modelos de clasificación "n" uno contra-descanso, donde n es el número posible de anotaciones. También puede aprender un modelo de regresión de vector de soporte para predecir un valor de punto flotante. Uso Prosat_learn prosat_predict es el programa para predecir la anotación para cada residuo de los modelos construidos, y emitir un perfil L XN Dimension, que salga de la puntuación de cada una de las N una de las versus Los modelos SVM de reposo para cada residuo de aminoácidos y L son la longitud de la secuencia de proteínas. En caso de un modelo de regresión, n = 1. Uso Prosat_predict entrada Prosat_predict tiene tres parámetros requeridos: - Archivo de prueba: el archivo de prueba proporciona la lista de características de secuencia para las cuales necesitamos predecir los perfiles de anotación. Es similar al archivo de entrada utilizado en Prosat_learn, excepto que no contiene los nombres de los archivos de anotación verdaderos, ya que estamos prediciendo lo mismo. - Archivo de modelo: el archivo modelo es el archivo modelo emitido por Prosat_learn - Archivo de predicción: El archivo de predicción proporciona la ruta y el prefijo de las predicciones de salida en forma de perfiles de anotación. salida La salida consiste en un conjunto de anotaciones y perfiles predichos, que no son más que las predicciones de SVM de cada uno de los modelos SVM de "elemento número".

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