Bio :: AnnotationCollectioni BIO :: AnnotationCollectioni es una interfaz Perl para las colecciones de anotación.
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Módulo perl interfaz perla Interfaz Perl Colecciones de anotación

Bio :: AnnotationCollectioni Descripción

Bio :: AnnotationCollectioni es una interfaz Perl para las colecciones de anotaciones. Bio :: AnnotationCollectioni es una interfaz Perl para colecciones de anotación. HSYNOPSIS # Obtenga un anotationCollectioni de alguna manera, por ejemplo, $ AC = $ SEQ-> Anotación (); Key forach $ ($ ac-> get_all_annotation_keys ()) {@values ​​= $ ac-> get_annotations ($ clave); foreach $ value (@values) {# valor es una biografía :: annotationi, y define un método "AS_TEXT", imprimir "Anotación", clave clave, "Valor rizado", $ Valor-> AS_TEXT, "N"; # también definió el método hash_tree, que permite que los datos orientados # acceso en este objeto $ hash = $ valor-> hash_tree (); }} Las colecciones de anotaciones son una forma de almacenar una serie de "hechos interesantes" sobre algo. Llamamos un "hecho interesante" en Bioperl una anotación (esto difiere de una característica de secuencia, que se denomina una función de secuencia y puede o no tener una recolección de anotación). El problema de esto es que no estamos tan seguros de qué "datos interesantes "Alguien podría querer almacenar: la posibilidad es infinita. El enfoque de Bioperl es que los" datos interesantes "están representados por Bio :: Annotationi Objects. La interfaz Bio :: Annotationi Guarencees Dos métodos $ obj-> as_text (); # cadena formada para mostrar a los usuarios y $ obj-> hash_tree (); # hash con reglas definidas para el Discovery orientado a datos. El método hash_tree está diseñado para reproducir bien con la salida XML y otros "Valores de etiqueta de datos anidados", piensan en la cobertura de Boulderio y / o Ace. Para obtener más información, lea Bio :: Annotationi Docsannotations se almacenan en AnotationCollections, cada anotación bajo una "etiqueta" diferente. Las etiquetas permiten un simple descubrimiento de las anotaciones disponibles, y en algunos casos (como la etiqueta "Gene_Name") indican cómo interpretar los datos debajo de la etiqueta. La etiqueta es solo una etiqueta profunda y cada etiqueta puede tener una variedad de valores. Además, AnnotationCollectioni's son GuarEnteee para mantener los valores de objetos establecidos consistentes debajo de cada etiqueta, al menos que cada objeto cumpla con una interfaz. El "estándar" AnotationCollection insiste en que las siguientes reglas están configuradas. : Anotación :: SimpleValue ontology_term bio :: anotación :: ontologyterm Referencia Bio :: Anotación :: Anotación :: Referencethese Las etiquetas son las etiquetas de implicar que el sistema SEQIO necesita para redondear GenBank / EMBL / SWISSPROT. USTED COMO US UN USUARIO Y EE. UU. Como comunidad puede hacer crecer la asignación de etiquetas "estándar" con el tiempo y específicamente para un área en particular. Lo que está nuevo en esta versión: · Perl

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