Blossoc Blossoc es una herramienta de asignación de asociación de disequilibrio enlaces que intenta construir (perfecto) genealogías.
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Blossoc Descripción

BLOSSOC es una herramienta de asignación de la asociación de desequilibrio de enlace que intenta construir (perfecto) genealogías. Blossoc es una herramienta de asignación de asociación de disequilibrio de enlace que intenta construir (perfecto) genealogías para cada sitio en la entrada, anotar estos de acuerdo con la agrupación no aleatoria de los individuos afectados y juzga las áreas de alta puntuación como la construcción de la genealogía local. En una serie de heurísticas que no están garantizadas para construir árboles verdaderos, sino que tienen la ventaja sobre métodos más sofisticados de ser extremadamente rápido. Por lo tanto, Blossoc puede manejar conjuntos de datos mucho más grandes que herramientas más sofisticadas, pero al costo de sacrificar cierta precisión. Inicialización: Blossoc está escrito en C ++ y está disponible como código fuente (bajo la licencia pública general de GNU, GPL) y como versiones binarias como Archivos Linux RPM. El código fuente se ha compilado con éxito en varios sistemas Linux y UNIX. Como solo tengo acceso limitado a las arquitecturas distintas de Linux, no es posible que me haga distribuciones binarias para otras plataformas, pero si alguien está dispuesto a construir las distribuciones, estaré más que feliz de ponerlos en este sitio. Uso: Blossoc se inicia a partir de la línea de comandos y toma, como entrada, un archivo que contiene las posiciones de marcadores y un archivo que contiene datos de haplotipo. El formato del archivo Haplotype es: una línea por haplotipo, donde se representa un haplotipo como un haplotipo. Lista de alelos separados por el espacio, y cada alelo representado como un '0' o una '1'. La primera columna es un 'Pseudo' alelo usado para la caja / dicotomía de control: A '0' en la primera columna es Tomado para significar que el haplotipo es un haplotipo de control y se toma un '1' en la primera columna significa que el haplotipo es un haplotipo de casos. Ejecute BLOSSOC --HELP para obtener una lista completa de las opciones de línea de comandos aceptadas por BLOSSOC. Qué es nuevo en esta versión: · Esta versión es un puerto para la nueva versión 2.0 de formato SNPFile.

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