Generación GENERECON es un paquete de software para la asignación de desequilibrio de vinculación con la teoría de la coyalescencia.
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Enlace desequilibrio Mapeo de desequilibrio teoría coalescente Mapeo de genes Generación

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Generecon es un paquete de software para la asignación de desequilibrio de vinculación utilizando la teoría de la coyalescencia. Generecon es un paquete de software para la asignación de desequilibrio de vinculación utilizando la teoría de la coyalescencia. El proyecto GENERECON se basa en un método Bayesian Markov-Cadena Monte Carlo (MCMC) para la asignación de genes de enlace a escala fina-desequilibrio con mapas de marcador de alta densidad. Modelos explícitamente modelos explícitamente la genealogía de una muestra de los cromosomas de la caja en la vecindad de una enfermedad. lugar. Dado caso y datos de control en forma de información de genotipo o haplotipo, estima una serie de parámetros, lo que es más importante, la posición de la enfermedad. GenereCon se escribe en el esquema C ++ y GUILE y está disponible como código fuente (bajo la licencia pública general de GNU, GPL) y como versiones binarias como archivos de RPM de Linux. El código fuente se ha compilado correctamente en varios sistemas Linux y UNIX, bajo OS X y en Windows con Cygwin. Sólo tengo acceso limitado a las arquitecturas que no sean Linux, no es posible Para que yo hagas distribuciones binarias para otras plataformas, pero si alguien está dispuesto a construir las distribuciones, estaré más que feliz de ponerlos en este sitio.Installación: $ tar zxf germerecon-version.tar.gz $ cd germenecon-version $ ./configureage HAY $ HAGA COMPROBACIÓN $ HACER INSTALACIÓN: GENERECON se inicia desde la línea de comandos; Los datos de entrada y los parámetros para el análisis se describen en uno o más scripts de configuración escritos en el lenguaje de programación del esquema. Inicio de generación con el script de configuración. La input.scm se realiza como: $ Generecon inTrin.Scmrun GreneCon --Help para obtener una lista completa de las opciones de línea de comandos aceptadas por Germenecon, o consulte Primeros pasos para una guía rápida para ejecutar Generecon. Lo que es nuevo En esta versión: · Esta versión corrige un incorrecto antes del árbol coalescente que resultó en tiempos de convergencia muy largos. · La solución mejora en gran medida la precisión y el número de iteraciones necesarias para un mapeo preciso.

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