Indesextractor indelextractor es una aplicación que genera diferentes máscaras de alineación además de la máscara de una indell.
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Indesextractor Descripción

Indelextractor es una aplicación que genera diferentes máscaras de alineación además de la máscara de una indell. Una alineación de secuencia molecular es la base del análisis filogenético molecular, pero a menudo es uno de los aspectos menos considerados. Las alineaciones a menudo contienen posiciones que son difíciles de alinear (es decir, regiones de INDEL) que pueden ser "editadas por ojo" o eliminadas antes del análisis. ElExtractor es una aplicación GUI y línea de comandos escrita en PERL que genera varias máscaras de alineación además de un Máscara de INDEL para una fácil identificación y eliminación de los intelectuales y su alineación ambigua circundante. Las máscaras de alineación se utilizan para ahorrar posiciones 'enmascaradas' y / o 'desenmascaradas' de una alineación a muchos formatos de archivo diferentes. ElExtractor utiliza la potencia de bioperl para manejar muchos formatos de archivo de entrada / entrada / salida de alineación y para manipulación y manipulación de secuencias generales. . Como resultado del poderoso manejo de formatos de archivos de INDELEXTRANTOR; ¡Puede usarlo simplemente para conversiones de formato de archivo de secuencia y alineación! Aquí hay algunas características clave de "indelextractor": · Formatos de entrada / salida · INDELEXTRANTOR Utiliza la potencia de Bioperl para manejar formatos de archivos de entrada / salida de alineación / alineación y para la secuencia general Manejo y manipulación. Por lo tanto, se admiten muchos formatos de archivo de secuencia y alineación, y son reconocidos por extensiones de archivo. Los archivos deben tener una extensión de archivo compatible para que indelextractor pueda determinar con precisión el formato de archivo correcto. · Máscaras de alineación · IndelexTractor se desarrolló inicialmente para ayudar a automatizar la tarea de la identificación y eliminación de INDEL. Para esto, se desarrolló la máscara de Indel, por lo que cada posición en la alineación se representó un carácter en una secuencia de estilo de consenso para identificar posiciones que formaban parte de una INDEL (regiones enmascaradas) y aquellas que no estaban (regiones desenmascaradas). Sin embargo, ahora están disponibles máscaras adicionales: máscaras invariables, variables y de consenso. Una vez que se ha generado una máscara, se puede usar para ahorrar sub-alineaciones (posiciones enmascaradas / descascaradas) para archivar, o como información adicional en los formatos de alineación de más información (por ejemplo, nexo) al guardar toda la alineación. . Opciones para que ambos estén disponibles a través de las preferencias de INDELEXTRANTOR.

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