Pathvisio Muestra y edita fácilmente las vías biológicas
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Pathvisio Descripción

Mostrar y editar fácilmente las vías biológicas. Pathvisio es una solicitud para mostrar y editar vías biológicas. En un sentido, Pathvisio le permite dibujar vías como lo haría en cualquier programa de dibujo, como PowerPoint o Photoshop. Pero la diferencia es que Pathvisio puede entender el contexto biológico de una vía, ya que puede vincular las entidades biológicas (genes o proteínas) en sus vías a los datos biológicos utilizando identificadores de base de datos. Esto le permitirá mapear datos experimentales (por ejemplo, datos de Microarray) y visualizar En la parte superior del dibujo de la vía. Nota: Mapeo de datos experimentales aún no es una característica de Pathvisio 1.1, pero puede hacer esto en combinación con GenmApp o con complementos adicionales para PathVisio). Aquí hay algunas características clave de "pathvisio": Creando un nuevo camino: · Cree una nueva vía presionando CTRL + N o seleccionando Archivo> Nuevo. Se abrirá un área de dibujo en blanco donde puede comenzar a editar el camino. Para guardar un camino, haga clic en Ctrl + S o seleccione Archivo> Guardar. Apertura de un camino existente: · Abra un archivo de ruta existente presionando CTRL + O o seleccionando Archivo> Abrir. Se abrirá un navegador de archivos donde puede navegar al archivo de ruta deseado. Buscando vías: Pathvisio le permite buscar vías que contienen un producto genético dado. Puedes buscar vías de dos maneras: · Símbolo del gen (nombre del gen) · Identificador del gen (como se define en la base de datos Sinónimos) Búsqueda por símbolo genético: · Este método busca todas las vías que contienen uno o más productos genéticos para los cuales el símbolo del gen contiene el texto de búsqueda especificado. Para encontrar solo productos genéticos donde el símbolo coincida exactamente con el texto de búsqueda, agregue "antes y después del texto (por ejemplo, TP53" para buscar coincidencias exactas de "TP53"). · Para iniciar la búsqueda, vaya a la pestaña Búsqueda de rutas en el panel lateral o seleccione Editar> Rutas de búsqueda. En la interfaz de búsqueda, seleccione Símbolo en la lista desplegable búsqueda. · Escriba el símbolo del gen que desea buscar en el campo de texto del símbolo. · Elija el directorio que desea buscar (se incluirán los directorios) utilizando el botón Examinar. · Haga clic en el botón Buscar para iniciar la búsqueda. Búsqueda por identificador de genes: · Este método busca todas las vías que contienen uno o más productos genéticos que corresponden al identificador dado. También se incluyen productos genéticos que están vinculados a través de referencias cruzadas en la base de datos sinónimo. · Para iniciar la búsqueda, vaya a la pestaña Buscar en el panel lateral o seleccione Editar> Rutas de búsqueda. En la interfaz de búsqueda, elija ID en la lista desplegable búsqueda por búsqueda. · Escriba el identificador del gen que desea buscar en el campo de texto ID. · Elija el sistema de base de datos a la que pertenece la identificación (también vea el enlace a las bases de datos). · Elija el directorio que contiene los archivos de ruta que desea buscar (se incluirán los directorios) utilizando el botón Examinar. · Haga clic en el botón Buscar para iniciar la búsqueda. Resultados de la búsqueda de la navegación: · Los resultados de la búsqueda se mostrarán en el panel lateral. La tabla de resultados muestra vías que tienen uno o más productos geniales que coincidan con el símbolo o el identificador buscados. Si hace doble clic en una ruta en la tabla, Pathvisio abrirá esta ruta y resaltará los productos genéticos relevantes con un contorno verde. Puede deshabilitar este resaltado por coincidencias resaltadas sin comprobación. Requisitos: · Java 2 Edición estándar Medio de ejecución ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Algoritmo mejorado para conectores automáticos que apuntan a un ancla. · Dibujo mejorado de tipos de flechas que tienen una breve "brecha" al final. · Debido a que el servicio de Freemail Thawte se ha cancelado, actualizamos nuestro certificado de seguridad. · El espectador de historia del camino tenía un error donde cada línea se consideraba modificada, incluso si no lo era. Esto ha sido arreglado.

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