Pypedal Pypedal es un módulo Python que proporciona herramientas para la manipulación de pedigríes.
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Pitón Módulo de Python Manipulación de pedigríes visualización de pedigrí Pedal pedigrí

Pypedal Descripción

Pypedal es un módulo Python que proporciona herramientas para la manipulación de pedigríes. Pypedal Project es un módulo de Python que proporciona herramientas para la manipulación de pedigríes, visualización simple de pedigríes y el cálculo de las medidas de diversidad genética de pedigríes. Lo nuevo en esta versión: · Se agregaron PypedalError y PypedalPedInputFileMeArror Classes. Ahora, la excepción recaudada en newpedigree :: __ init __ () en realidad funciona de manera correcta. Un poco más de trabajo en PYP_NEWCLASSES / NEWANIMAL :: __ init __ () Para asegurarse de que los métodos de cadena no se llamen en cadenas. string_to_int () ahora utiliza un nuevo algoritmo de hashing tomado de "teclas de cadena de caracteres" en "Estructuras de datos y algoritmos con patrones de diseño orientados a objetos en Python" por Bruno R. Preiss: http://www.brpreiss.com/books/opus7 /html/page220.html#Progstrnga.Este arregla el problema de la colisión con el algoritmo anterior (pero cualquier algoritmo que produce, digamos, los enteros de 32 bits se colocarán debajo de las circunstancias correctas) .OK, el problema con PYP_UTILS / REGITOR () tiene Se ha identificado: el enfoque de hashing de ORI PELEG utilizado en PYP_NEWCLASSES / NEWANIMAL :: STRING_TO_INT () está colling. Por ejemplo, las cadenas 'Anjhl5876DC' y 'ONNLDF348RC' hash al mismo valor. Cuadra un cambio a PYP_NEWCLASSES / NEWANIMAL :: __ init __ () para que los nombres de los animales, el padre y la presa estén asignados correctamente, incluso si se pasan las identificaciones integrales en lugar de cuerdas.pyp_newclasses / newpedigree :: preprocese () ya no arroja animales de animal, padre y presa a las cuerdas al agregar entradas de pedigrí para faltan los satos y presas. El elenco estaba rompiendo el código de asignación fundador en PYP_NEWCLASSES / NewAnimal :: __ init __ (). Apagó un montón de mensajes de depuración que que quedan en PyP_utils / reorden (). PYP_UTILS / Assign_offspring () se rompió bastante debido a los errores introducidos cuando los nuevos Se hizo la conversión del modelo de objeto. Lo que está nuevo en esta versión: 26/06/2007 Más información de errores a PyP_utils / Reorder (). Los diccionarios de ORDERDICT y ORDESBRINGDICT están ahora correctas cuando se mueve un animal en el pedigrí. Estos casos fijos donde el pedigrí no se reordenó correctamente. Cuando esto sucedió, PYP_UTILS / RENATUME () atrapó a los líderes mientras miraba los toros / presas y establecía a los padres a desconocidos, ignorando las relaciones conocidas en el pedigrí. Los informes persistentes de George WIGGANS que las relaciones que se calculan fueron simplemente no se llevaron a la causa raíz del problema. Gracias, George! 25/25/2007 eliminado pyp_utils / reorder_list (). 06/21/2007 PYP_UTILS / REGITOR () ahora escribirá mensajes de error al archivo Logfile y STDIO si un pedigrí no pudo no ser numerado en Renumber_max_rounds of iteración. 21/06/2007 Se agregó nuevo parámetro, max_rounds, a pyp_utils / reorden (). PYP_NEWCLASES / NewPedigree Pases renumber_max_rounds para reordenar, pero las rutinas en PYP_NRM / * * NO.06 / 21/2007 agregaron nueva opción, renumber_max_rounds, a pyp_newclasses / newpedigree :: __ init __ (). El valor predeterminado es 100 rondas.06 / 21/2007 Reescribe completamente PYP_UTILS / REGLER (), que ha sido la Bane de mis existencias y la fuente de la mayoría de los errores pypedales durante mucho tiempo ahora.06 / 21/2007 ERRISTO FIJO EN PYPT_NRM / endogamia () para que funcione correctamente con NRM.06 / 20- / 2007 precalentado con una nueva función, PYP_IO / WRITE_IJK (), que guarda un NRM a un disco en formato IJK, donde I y J son ID de animales y k es (1. + el coeficiente de endogamia) cuando (i == j) o coeficiente de relación cuando (I! = J) .06 / 20/2007 reescribió un mensaje de error en PYP_NEWCLASSES / NewPedigree :: PREBROCESS () SO que ahora tiene sentido.

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