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Densidad Clasificación y resumen

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Densidad Descripción

La microscopía electrónica se ha convertido en una herramienta importante en la biología estructural. Muchas proteínas que no se pueden hacer para cristalizar en un cristal 3D adecuadas para la cristalografía de rayos X pueden ser estudiadas por microscopía electrónica, ya sea como moléculas individuales o en forma de cristales 2D. Sin embargo, las estructuras resultantes tienen una resolución mucho menor. Con excepciones raras, los mapas de densidad de electrones obtenidos por microscopía electrónica no son suficientes para identificar la estructura a la resolución atómica. En algunas situaciones, se dispone de una estructura a nivel atómica de la misma proteína en otra conformación. DensageFit es una herramienta diseñada para combinar esta información con la estructura de baja resolución. Esta herramienta con sede en Python hace que al deformar la estructura atómica conocida para que encaje en el mapa de densidad electrónica de baja resolución. La flexibilidad de la proteína se describe mediante un modelo de red elástica, cuyos modos normales de baja energía definen las deformaciones permitidas. Este procedimiento garantiza que la integridad de la proteína se conserva durante la deformación. En comparación con otros algoritmos similares que se han publicado, el que se implementa en DensensityFit tiene la ventaja de haber sido probado en datos experimentales reales para una proteína de tamaño mediano, CA-ATPase. El algoritmo y su aplicación a CA-ATPASE se han descrito en

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