DUPTREE es una aplicación basada en el comando pequeña, fácil de usar, especialmente diseñada para ayudarlo a realizar un análisis de parsimonia de árbol genéal a gran escala. El programa implementa un nuevo algoritmo que mejora significativamente el tiempo de ejecución de las heurísticas de búsqueda estándar para la parsimonia del árbol de genes, y permite los primeros análisis filogenéticos verdaderamente genómicos. Además, DUPTREE permite a los usuarios examinar enraizamientos alternativos y pesar los costos de conciliación para los genes. DupTree es un proyecto de código abierto escrito en C ++.
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