Rate4site Un programa para detectar sitios de aminoácidos conservados
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Rate4site Descripción

Calificación4Site se desarrolló para ser un programa para detectar sitios de aminoácidos conservados al calcular la tasa evolutiva relativa para cada sitio en la alineación de múltiples secuencias (MSA). Descripción general: La tasa de evolución no es constante entre los sitios de aminoácidos: algunas posiciones se evolucionan lentamente y se conocen comúnmente como "conservadas", mientras que otras evolucionan rápidamente y se conocen como "variable". Las variaciones de la tasa corresponden a diferentes niveles de selección de purificación que actúan sobre estos sitios. La selección de purificación puede ser el resultado de restricciones geométricas en el plegado de la proteína en su estructura 3D, restricciones en los sitios de aminoácidos involucrados en la actividad enzimática o en la unión en el ligando o, alternativamente, en los sitios de aminoácidos que participan en las interacciones de proteínas de proteínas . Rate4Site calcula la tasa evolutiva relativa en cada sitio utilizando un modelo evolutivo basado en probabilística. Esto permite tener en cuenta el proceso estocástico que subyace a la evolución de la secuencia dentro de las familias de proteínas y el árbol filogenético de las proteínas en la familia. El puntaje de conservación en un sitio corresponde a la tasa evolutiva del sitio. Metodología: La única entrada obligatoria para calificar el sitio es un archivo MSA. Luego, el programa calcula un árbol filogenético que es consistente con el MSA disponible (el usuario también puede ingresar un árbol precalentado). Luego calcula la puntuación de conservación relativa para cada sitio en la MSA. Esto se lleva a cabo utilizando un método empírico bayesiano o un método máximo de probabilidad (Pupko et al., 2002).

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