Varscan Identifica fácilmente los SNP con esta aplicación
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Varscan Clasificación y resumen

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Varscan Descripción

Varscan es una herramienta basada en Java que está especialmente diseñada para ser una plataforma y una utilidad independiente de tecnología para identificar SNPS e INDELS en la secuenciación paralela masiva de muestras individuales y agrupadas. Dados datos para una sola muestra, Varscan identifica y filtra las variantes de la línea germinal en función de los recuentos de lectura, la calidad de la base y la frecuencia de alelo. Dados datos para un par de tumores-normales, Varscan también determina el estado somático de cada variante (línea germinal, somática o loh) al comparar los recuentos de lectura entre muestras. Principales características: llama SNPS e INDELS de SAMTOOLS PILEUT archivos Filtros variantes por cobertura, profundidad de lectura, frecuencia de variante y calidad de base determina el estado somático (somático, línea germinal, LOH) para pares de tumores normales se compara, se fusiona e intersecta dos listas de variantes Limita las llamadas de variante a un conjunto de posiciones objetivo o regiones de destino

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