Meltsim El simulador de fusión de ADN
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Meltsim Clasificación y resumen

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Meltsim Descripción

Meltsim es un programa estadístico-mecánico para calcular curvas de fusión (desnaturalización) (perfiles derivados) y mapas de ADN, de genes a genomas. El modelo es la celosía de ida dimensional a la que se ha adjuntado la entropía de bucle. El algoritmo original es el de Polonia y Scheraga y Polonia, con el fixman y el fríe de la aproximación de la entropía de bucle por una suma de exponenciales. Los parámetros en el algoritmo original de Polonia se evaluaron por Blake y Delcourt y proporcionaron un acuerdo casi cuantitativo entre TM observado y calculado, amplitudes, anchos y áreas de transiciones obtenidas en condiciones de equilibrio. El programa almacena los resultados de la operación en un archivo de registro que le permite revisar información y operaciones importantes. Principales características: El archivo de entrada (secuencia) no requiere formato especial. Las bases pueden estar en mayúsculas y / o minúsculas, y no se requieren roturas de línea. Sin embargo, solo las letras A, C, G y T se cuentan como bases. Con la aplicación auxiliar llamada compilación, las ubicaciones de secuencia específicas en los archivos de GenBank formateados se pueden convertir y leer por Meltsim 1.0 para Windows. Se agregará un título automáticamente a la parte superior del gráfico si la primera línea del archivo de entrada contiene texto que comienza con el signo de libra (#). Normalmente, las bases se leen normalmente en bloques de 100,000 pb y la D (Theta) / DT (la primera derivada de la parte no mezclada, con temperatura) vs. T valores se promedian a medida que se leen más bases. El archivo de mapa de fusión da datos para el último bloque derretido. Meltsim 1.0 para Windows se puede dirigir a fundirse en bloques marcados con un asterisco (*) en el archivo de entrada. También puede leer cualquier parte de una secuencia al dar las ubicaciones de inicio y detención. Los archivos de entrada múltiples se pueden derretir secuencialmente utilizando el comodín de asterisco (*) en el nombre del archivo. Con la función de impresión automática, Meltsim 1.0 para Windows se puede dejar para funcionar en cualquier número de archivos, imprimir gráficos a medida que avanza. Se produce un archivo de salida de las coordenadas de curva de fusión (D / DT en función de T). Otro archivo de salida se produce de las coordenadas del mapa de fusión (T y THETA como funciones de la posición de la base, promedió sobre un dominio de tamaño ajustable). Los fundidos anteriores se pueden leer de nuevo en Meltsim 1.0 para Windows, así como cualquier archivo de coordenadas XY, puede que desee usar para comparación o referencia. Los valores de TM se pueden calcular en cualquier curva utilizando una función de integración. El valor de TM se muestra en la TM en el gráfico junto con una línea. Las curvas y el mapa de fusión se pueden mostrar escaladas de varias maneras, y la ventana muestra cómo se verá la gráfica cuando se imprima.

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