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Bio :: Matrix :: PSM :: Instancaftaite Descripción

BIO :: MATRIX :: PSM :: Instancaftaite es un sitio de PSM. Bio :: Matrix :: PSM :: Instancaftaite es un sitio de PSM Occurance.Synopsis Use Bio :: Matrix :: PSM :: Instanceite; #, Puede obtener un objeto de instancias, ya sea de un archivo: My ($ instances, $ matrix) = $ somepsmfile-> parse_next; #or de la memoria My% params = (seq => 'tataat', id => "tatabox1", adhesion => 'ensg00000122304', MID => 'TB1', DESC => 'TATA BOX, Verificado experimentalmente en el gen PRM1' , Relpos => - 35); Interfaz abstracta a la ocurrencia del sitio de PSM (coincidencia de secuencia PSM). Los objetos de instancias se pueden usar para describir un PSM (ver BIO :: MATRIX :: PSM :: Sitematrix) Secuence coincides. La característica habitual de dicha coincidencia es la secuencia de coordenadas, puntaje, secuencia y secuencia (genes) número de identificación de identificación u otra identificación. Este objeto hereda de Bio :: LocatableSeq (que define la secuencia real) y puede mantener un objeto Sitematrix, utilizado Para detectar el CRE (elemento regulatorio CIS), o creado a partir de esta CRE. Mientras que la documentación establece que la combinación de ID de MOTIF y ID de Genes (Adhesión) debe ser única, esto no es del todo cierto, puede haber más de una ocurrencia de El mismo elemento regulatorio de CIS en la región corriente arriba del mismo gen. Por lo tanto, los relatos serían el tercer elemento para crear una combinación realmente única. Requisitos: · Perl

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