PASOS Motor estocástico para la simulación de la vía
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PASOS Clasificación y resumen

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simulación ruta Simulación estocástica estocástico motor estocástico simulación de caminos

PASOS Descripción

Motor estocástico para la simulación de vía. Los pasos son un paquete para la simulación estocástica exacta de los sistemas de difusión de reacción en geometrías 3D arbitrariamente complejas. Nuestro algoritmo de simulación central es una implementación de la SSA de Gillespie, extendida para tratar la difusión de moléculas sobre los elementos de una malla tetraédrica en 3D. Mientras se desarrolló principalmente para simular modelos detallados de vías de señalización neuronal en dendritas y sinapsis. Herramienta y se puede utilizar para estudiar cualquier camino bioquímica en la que se cree que los gradientes espaciales y la morfología desempeñan un papel. Hemos implementado los pasos como un conjunto de módulos de Python, lo que significa que los usuarios de los pasos pueden usar los scripts de Python para controlar todos los aspectos de la configuración del Modelo, generando una malla, controlando la simulación y generando y analizando la salida. Las rutinas computacionales principales aún se implementan como módulos de extensión C / C ++ para la velocidad máxima de ejecución. Se distribuye PSEPS en la licencia GPL V3. Requisitos: · Python

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