Proteína proteinshop es una herramienta interactiva para manipular estructuras de proteínas.
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Proteína Descripción

La proteína es una herramienta interactiva para manipular estructuras de proteínas. La proteína es una herramienta interactiva para manipular estructuras de proteínas. Fue diseñado para crear rápidamente un conjunto de configuraciones de proteínas utilizando el conocimiento y la intuición humana. Estas configuraciones pueden someterse a la optimización local o global. Aunque la proteína de proteína no realiza el proceso de optimización global en sí mismo, proporciona un marco que se puede usar para interactuar con un proceso global de optimización que puede ejecutarse en una máquina remota. PROCIPLEINSHOP presenta tres niveles de funcionalidad. I: Mostrar una estructura de proteínas 3D · Crear Una proteína 3D "desde cero", es decir, un aminoácido a la vez, desde una secuencia de aminoácidos y predicciones de estructura secundaria. · Cargue una estructura de proteína 3D a partir de un archivo PDB. · Proporcionar técnicas de visualización estándar, como la esfera de Atom, Bond Stick y la prestación de dibujos animados. TEVEL II: manipulación interactiva de la estructura de la proteína 3D cambiando los ángulos dihedral a lo largo de su columna vertebral · alineación manual de la estructura secundaria al arrastrar estructuras secundarias seleccionadas (alfa-hélices y betars). · Cambie la forma de las hebras beta Permitiendo torsión, curling y plisado. · Forma las hojas beta paralelas / antiparallas automáticamente. · Guardar / cargar fragmentos de la proteína para su reutilización en otra configuración s. · Ayudar a alinear las estructuras secundarias para formar estructuras terciarias al proporcionar guías y marcadores de visualización, como la representación de la vínculo de hidrógeno y la visualización de colisión de átomos. · Cambie los tipos de estructura secundaria para los aminoácidos seleccionados "sobre la marcha" para experimentar con débil o conflictivo secundario Predicciones de la estructura. · Evalúe la energía de una estructura de proteínas 3D usando el código de cómputo de energía provisto externamente. · Visualice la energía calculada.level III: Monitor / Steer A (remoto) Proceso de optimización global · Conectarse a / desconectarse de un proceso de optimización global. · Descargar Configuraciones candidatas de un proceso de optimización. · Cargar configuraciones manipuladas al proceso de optimización. · Monitorear el proceso de optimización al descargar todo el árbol de configuraciones. Aquí hay algunas características clave de "proteinshop": · Ayuda a los investigadores generar automáticamente las estructuras terciarias de la secuencia y las predicciones de la estructura secundaria. Disponible en los servidores de predicción accesibles a través de Internet. · Es e Nabilita a los científicos para aplicar su conocimiento bioquímico e intuición durante la manipulación interactiva de las estructuras de proteínas. Proporciona la visualización de la energía libre calculada durante el modelado para facilitar la comparación y el análisis de estructuras alternativas. · Acelera el descubrimiento de las configuraciones de baja energía al aplicar las optimizaciones locales a Estructuras de proteínas seleccionadas por el usuario. Se crea automáticamente una variedad de configuraciones beta basadas en las probabilidades de las topologías de la hoja beta y las alineaciones coincidentes. Requisements: · OpenGL o GL para la representación de 3-D · FLTK para GUI · Ámbar para cálculos de energíaInstalación: use makepiles estándar Incluido en el directorio SRC.Go al directorio "SRC 'y luego escriba' Hacer 'para construir proteínas. *** La configuración de FLTK en el compilador MakeFilethe espera incluir archivos en $ (FLTK_BASE) / $ (INCDIR), bibliotecas de menos de $ (FLTK_BASE) / $ (libdir), y cualquier herramienta de compilación necesaria en (FLTK_BASE) / $ (BIDIR). Si tiene una configuración diferente, debe editar manualizar las banderas del compilador a continuación.Fltk_Base = / usr / localon Algunas instalaciones, FLTK OpenGL Funciones se encuentran en un separatelibrary, libfltk_gl. Si el enlazador se queja de un indefinidoSymbols, intente agregar -lfltk_gl a la línea a continuación antes -lfltk.fltk_libs = -l $ (fltk_base) / $ (libdir) -lfltk_gl -lfltk

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