FastTree es una herramienta práctica, fácil de usar, de forma rápida, especialmente diseñada para inferir árboles filogenéticos de máxima calidad de alineación de las secuencias de nucleótidos o proteínas. FastTree puede manejar alineaciones con hasta un millón de secuencias en una cantidad razonable de tiempo y memoria. Para alineaciones grandes, FASTTREE es 100-1,000 veces más rápido que PHYML 3.0 o RAXML 7.
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