Phylonet Analizar relaciones evolutivas reticuladas con esta aplicación.
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Phylonet Clasificación y resumen

Phylonet Etiquetas

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Phylonet Descripción

Phylonet es una herramienta práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ofrecer a los usuarios un conjunto de herramientas para reconstruir y analizar relaciones evolutivas reticuladas (no Treelike). En particular, el paquete de software incluye características para inferir la transferencia de gen horizontal de un par de árboles de especies / genes, y detectar puntos de interrupción de recombinación interspecífica en una alineación de secuencia. Además, tiene las capacidades para leer / almacenar redes filogenéticas, y comparar las topologías de redes filogenéticas. Como los algoritmos para la reconstrucción y la evaluación de la red filogenética, hacen uso de técnicas algorítmicas del dominio de los árboles filogenéticos, el paquete también contiene varias características orientadas a los árboles, como los módulos para calcular los subteres máximos de acuerdo, las medidas de distancia de Robinson-Foulds, etc. Principales características: MAST - Subtreto de acuerdo máximo RF - Robinson-Foulds / Sypetric Difference Tree Midure RIATHAHGT - Una heurística para detectar eventos HGT de un par de especies / árboles genéticos LCA - Ancestro menos común de un conjunto de nodos en un árbol Recomp - Un método a base de la ventana para detectar puntos de interrupción de recombinación interspecífica Charnet - una herramienta para computarlos de computación, árboles y triparticiones en una red CMPNETS: una herramienta para computar la distancia entre dos redes NetPars - Una herramienta para anotar la parsimonia de redes filogenéticas Countcoal: una herramienta para enumerar todos los escenarios coalescentes válidos de un gen dentro de las ramas de un árbol de especie GENCPLEX: una herramienta para generar una formulación de MILP que puede resolverse por CPLEX para una especie de árboles y un conjunto de árboles genéticos Genst: una herramienta para generar topolotes de árboles de especies basadas en conjuntos máximos de grupos compatibles. Compute_st (esta herramienta es un script Perl): para reconstruir el árbol de especies de los genes debajo de los coalescentes. infer_st - para inferir el árbol de especies de los genes. Los métodos contenidos incluyen MDC, MDC con tiempo, vidrio, consenso mayoritario y voto democrático. Deep_Coal__count - para contar el número de linajes adicionales aportados por un conjunto de árboles genéticos y árboles de especies sim_gtinnetwork - para simular los genes en el modelo de red filogenética en el Yu et al. Sistema Biol 2010 Papel

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