Lutefiskxp LuteFiskXP es un software compatible con ANSI C que se usa para realizar la nueva secuenciación de péptidos de los espectros de masa tándem.
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Lutefiskxp Clasificación y resumen

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Lutefiskxp Descripción

LuteFiskXP es un software compatible con ANSI C que se utiliza para realizar la nueva secuenciación de péptidos de los espectros de masas tándem. LuteFiskXP es un software compatible con ANSI C que se utiliza para realizar la nueva secuenciación de péptidos de los espectros de masas tándem. LuteFisk es un software para la interpretación de Novo de los espectros PEPTIDOS CID. A menudo se obtienen espectros de masa tándem de péptidos de alta calidad para los cuales no se puede realizar una coincidencia de base de datos exacta. Entonces, nos enfrentamos a la pregunta de si la proteína bajo investigación es novedosa, o si los espectros no coincidentes se deben a perspectivas menos emocionantes Como la variación entre especies, los errores de secuencia de bases de datos o las escisiones proteolíticas inesperadas. Para comenzar a abordar este problema, realizamos una interpretación de novointerpretación de los espectros CID utilizando el programa de computadora LuteFisk; Sin embargo, cualquiera de las interpretaciones casi siempre produce múltiples candidatos de secuencia, donde a menudo es difícil o imposible distinguir la secuencia correcta de los incorrectos. Las variaciones entre las secuencias candidatas a menudo son menores y, por lo general, involucran inversiones dipéptidos, intercambiando los dipéptidos de la misma masa , reemplazos de dipéptidos con aminoácidos individuales de la misma masa, y reemplazos de aminoácidos por dipéptidos de la misma masa. Utilizamos los múltiples candidatos de secuencia producidos por LuteFisk como secuencias de consulta en un segundo programa, Cidentify. Cidentify es una versión del algoritmo FASTA de Bill Pearson modificado por Alex Taylor para acomodar los matices de la EM, como las múltiples secuencias de consulta, los dipéptidos ambiguos y las equivalencias de masa isobárica. Packpilling en Unixadespter incorporando el archivo, copie el Makefile para su sistema en "Makefile". Use el comando "Hacer lutefisk ".usage: LuteFisk -O = FILO DE PROPIEDAD PATHNAME -Q = MODO TIENDO EN (DEFAULT OFF) -M = PRECISOR ION MASS -D = Detalles File PathName -p = Params File STPYNAME -R = RESIDUS File STHPNAME -S = Pathnane Of Archivo con secuencias de base de datos para puntuar -v = Modo verboso activado (DEFAULT OFF) -H = Imprimir este texto Ayuda que es nuevo en esta versión: · Makefile actualizado

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