Neuronvisio Una interfaz de usuario para el entorno simulador de neuronas
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Neuronvisio Clasificación y resumen

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visualización Interfaz Visualización 3D NEURON GUI ambiente simulador NEURONA

Neuronvisio Descripción

Una interfaz de usuario para el entorno simulador de neuronas. Neuronvisio se conecta con la neurona utilizando la nueva interfaz de neurona de Python.Installación: para instalar NeuronVisio que necesita para satisfacer las siguientes dependencias * Pygtk * Visual * MatPlotliBeasy instalarla la forma más fácil de obtener NeuronVisio es si tiene setuptOols instalados: Easy_install NeuronVisioWithout SetuptOols, sigue siendo bastante fácil . Descargue el archivo neuronvisio.tgz de la página Cheeseeshop de Neuronvisio, desate y ejecute: Python Setup.py InstallDocumentationLa documentación está disponible en la carpeta DOC o en línea. PickstArtThis El código es solo para dar una idea de cómo usar el módulo NRNVISIO: 1. Descubra una consola de Ipython con el interruptor de Pylab.: Ipython -pylab # Si no usa el interruptor, no verá ningún gráfico.2. Importe el módulo: desde neuronvisio.controls Controles de importación Controles = controles () Cuando se inicia NRNVISIO, se inicia el hilo. En este hilo, todo el proceso de NRNVISIO sucederá sin bloquear la consola. Un ejemplo rápido del siguiente código: 1. Crea una sola sección llamada Soma 2. Inserte un canal Hodgkey-Huxley y una conductancia pasiva 3. Inserte un alfaSynapse para proporcionar Un estímulo. Un ejemplo rápido puede ser el siguiente: de nrnvisio.controls Importar Controlscontrols = Controles () # Inicio de la Neurona de Guifrom Importar H # Obtención del HocInterrepreterSoma = H.Section () # Creación de una SecciónSoma.insert ('HH') # Inserción de un HH canalsoma.insert ('pas') # Inserción de una conducta pasiva = h.alphasynapse (0.5, sec = soma) # inputsyn.onset = 0.5 # cuando to firesyn.gmax = 0.05 # la conductancia de los sinapsesyn. E = 0 # El ejemplo de la inversión potencial más en el directorio de ejemplo Muestra cómo usar NeuronVisio con un modelo más complejo. Aquí hay algunas características clave de "NeuronVisio": · Visualización 3D del modelo con la posibilidad de cambiarlo tiempo de ejecución · Creación de vectores para registrar cualquier variable presente en la sección. · Integración de Pylab para trazar directamente el resultado de la simulación. · Exploración de la TimeCourse de cualquier variable entre el tiempo utilizando una escala codificada por colores · La GUI se ejecuta en su propio hilo, por lo que es posible usar la consola (Ipython de sugerencia firmemente sugerida) Requisitos: · Python

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