Sistemas biology workbench Systems Biology Workbench (SBW) es un marco simple para las intercomunicaciones de aplicaciones.
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Systems Biology Workbench (SBW) es un marco simple para las intercomunicaciones de aplicaciones. Systems Biology Workbench (SBW) es un marco simple para las intercomunicaciones de aplicaciones. El proyecto utiliza una arquitectura basada en el agente, distribuida, que pasa por mensaje, es compatible con muchos idiomas, incluidos Java, C, Perl y Python, y se ejecuta en Linux, OSX y Win32. ¿Qué es el SBWRESearchers en sistemas cuantitativos? Biología hace uso de un gran número de Diferentes paquetes de software para modelado, análisis, visualización y manipulación general de datos. El Biológico de Systems Workbench (SBW), es un marco de software que permite componentes heterogéneos de la aplicación, escritos en diversos lenguajes de programación y ejecutándose en diferentes plataformas, para comunicarse y usar las capacidades de cada uno a través de un sistema de mensajes codificados binarios rápidos. Nuestro objetivo fue crear una infraestructura de software de código abierto y simple, que sea fácil de implementar y comprender. SBW permite aplicaciones (potencialmente ejecutándose en computadoras separadas, distribuidas) para comunicarse a través de un protocolo de red simple. Las interfaces para el sistema están encapsuladas en las bibliotecas del lado del cliente que proporcionamos para diferentes lenguajes de programación. En el último recuento, hubo más de 75 paquetes diferentes para simular redes celulares (consulte www.sbml.org). Esta proliferación de herramientas ha dado lugar a una variedad de capacidades e interfaces. Aunque bienvenido en muchos aspectos, esta proliferación ha dado lugar a dos efectos secundarios no deseados: 1. Cada herramienta utiliza su propio formato, a menudo indocumentado, para almacenar modelos. El resultado es que un modelo guardado en una herramienta no se puede cargar en otro. Esto obviamente obstaculiza el intercambio libre de modelos de una herramienta a otra.2. El segundo problema es que muchas de las herramientas duplan las capacidades de cada uno. Escribir herramientas de simulación lleva tiempo, y muchos de los proyectos son de corta duración, lo que significa que los autores no pueden desarrollar las herramientas muy lejos. Como resultado, muchas de las herramientas proporcionan una funcionalidad similar. A diferencia de otras comunidades de desarrollo de software, hay poca tradición de reutilización de código en la comunidad de biología del sistema. Como resultado, la comunidad ha visto un esfuerzo demasiado duplicado. El intercambio de pieles del primer problema, el de Model Intercambio, se ha abordado mediante la introducción de un formato estándar para que todos los escritores de herramientas empleen. Esta norma se denomina lenguaje de marcado de biología de sistemas (SBML) junto con CellML (www.cellml.org), la introducción de un formato estándar está comenzando a realizar un impacto significativo en los escritores de herramientas, y la mayoría de las herramientas más utilizadas ahora emplean SBML como un medio para intercambiar modelos. Reutilización de codos El segundo problema es más difícil de abordar, es así como fomentar la reutilización del código en la comunidad. Nuestro intento de resolverlo ha sido desarrollar un marco de software llamado Biología del sistema Workbench. El banco de trabajo permite que diferentes herramientas expongan la funcionalidad programática a otras herramientas. Esto significa que un desarrollador ahora puede desarrollar un trabajo anterior sin tener que entender en detalle el funcionamiento interno a menudo intrincado de otras herramientas. Todo lo que un desarrollador necesita saber es la interfaz que expone la herramienta. Por lo tanto, una herramienta en particular puede exponer una interfaz de simulación dependiente del tiempo de una herramienta de simulación, otro desarrollador de herramientas, en lugar de inventar otra herramienta de simulación, puede explotar esta capacidad y desarrollar una nueva herramienta que pueda realizar funciones adicionales. La carga de trabajo para el segundo desarrollador se reduce considerablemente, y en cambio, pueden concentrarse en la novedosa funcionalidad. Este trabajo se apoya actualmente a través del generoso apoyo de DARPA y la DOE.

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