QTL Reaper QTL Reaper es un software para escanear rápidamente los datos de expresión de microarrays para QTLS.
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QTL Reaper Clasificación y resumen

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bioinformática Micromatriz Calculadora QTL Escáner de microarray Aplicación de bioinformática QTL

QTL Reaper Descripción

QTL Reaper es un software para escanear rápidamente los datos de expresión de microarrays para QTLS. QTL Reaper es un software, escrito en C y compilado como un módulo Python, para escanear rápidamente los datos de expresión de microarrays para QTLS. Es esencialmente la versión orientada a los lotes de WebQTL. Requiere, como entrada, datos de expresión de miembros de un conjunto de líneas inbradas recombinantes y información de genotipo para las mismas líneas. Busca una asociación entre cada rasgo de expresión y todos los genotipos y evalúa esa asociación por una prueba de permutación. Para la prueba de permutación, realiza solo tantas permutaciones que sean necesarias para definir el valor p empírico a una precisión razonable. También realiza el remuestreo de bootstrap para estimar la región de confianza para la ubicación de un QTL putativo. Requisitos: · Python · Blas Library · LibraryInstallación de LapackIntallation: Primer Gunzip y desatar el archivo de paquete. Introduzca el módulo QTlReAper DirectoryPoPX para compilar QTlReaber Módulo, Ejecutar: Python Setup.py Build También puede modificar el Setup.py Script si su sistema no tiene instalado BLAS y Lapack Library y desea utilizar los incluidos en este paquete. Para instalar QTLREAPER. Módulo, Ejecute: Python Setup.py Instale lo que está nuevo en esta versión: · Aumente el lugar máximo en un solo cromosoma de 200 a 500 · Nuevo código para calcular los marcadores faltantes

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